Эрүүл мэндийн салбар гурван том хөтөлбөрийг даатгалын сангаас санхүүжүүлэн хэрэгжүүлж буй. Эдгээр нь “Элэг бүтэн Монгол”, “Эрүүл шүд, эрүүл хүүхэд”, “Даатгуулагчийг урьдчилан сэргийлэх, эрт илрүүлэх үзлэг, оношилгоо, шинжилгээнд хамруулах” хөтөлбөр юм. 

Өнөөдрийн байдлаар “Даатгуулагчийг урьдчилан сэргийлэх, эрт илрүүлэх үзлэг, оношилгоо, шинжилгээнд хамруулах” хөтөлбөрийн хүрээнд Улаанбаатар хотын 109.448, орон нутгийн 171.658 нийт 281.106 хүн хамрагдаад байна. Харин “Элэг бүтэн Монгол” хөтөлбөрийн хүрээнд 155.182 хүн В, С вирусын шинжилгээ өгөөд байгаа бол “Эрүүл шүд, эрүүл хүүхэд” үндэсний хөтөлбөрийн хүрээнд 151.096 хүүхэд эрүүл шүд, эрүүл инээмсэглэлтэй болоод байна.