МУИС, МҮИС хоёр сургуулийн нэршил бүхий бараа тэмдэгтийн асуудал 2020 оны намраас хүчтэй өрнөж Боловсрол Шинжлэх ухааны сайд Л.Энх-Амгалан асуудлыг шийднэ хэмээн ярьж байв. Тэгвэл нэг ижил нэртэй тус хоёр сургуулийн маргаан шүүхээр эцэслэн шийдэгдэж цаашид "МОНГОЛЫН ҮНДЭСНИЙ ИХ СУРГУУЛЬ" гэх нэршлийг ашиглах боломжгүй болжээ. Маргаан үндсэндээ Улсын их сургуулийн талд шийдэгдсэн байна. 

Тухайлбал Улсын Дээд шүүхээс уг маргааныг хэлэлцэхээс татгалзсан шийдвэрийг 2023 оны 02 сарын 28-ны өдөр гаргасан аж. Ингэснээр Нийслэлийн давж заалдах шатны шүүхийн гаргасан "Нийслэл дэх Захиргааны хэргийн анхан шатны шүүхийн 2022 оны 08 дугаар сарын 23-ны өдрийн 614 дүгээр шийдвэрийг хэвээр үлдээж, нэхэмжлэгч “Монголын Үндэсний Их Сургууль” НҮТББ-ын төлөөлөгчийн давж заалдах гомдлыг хангахгүй орхисугай" шийдвэр хэвээр үлдсэн аж. Тодруулбал нэхэмжлэгч тал дахин шүүхэд гомдол гаргах боломжгүй болсон.