Боловсролын зээлийн сангаас дотоод, гадаад их, дээд сургуульд суралцагчдад зээл олгодог. Энэ арга хэмжээг авч хэрэгжүүлэхийг салбарын сайдад үүрэг өгсний дагуу асуудлуудыг орууллаа. 2004-2016 оны хооронд дотоодын их, дээд сургууль суралцаж төгссөн, Боловсролын зээлийн сангаас зээл авч суралцсан, зээлийнхээ гэрээний үүргээ биелүүлсэн иргэдийг төрөөс чөлөөлөх шийдвэртэй холбоотой асуудал яригдлаа. Засгийн газраас Дээд боловсролын тухай хуульд заасны дагуу УИХ-д энэ асуудлын журмыг өргөн барьсан билээ.  Боловсролын зээлийн салбарт хадгалагдаж байгаа 13 мянга гаруй диплом нь байдаг. Барьцаанаас чөлөөлөгдөж чаддаггүй хүмүүсийн асуудал шийдвэрлэгдэнэ. Гэрээний үүргээ биелүүлсэн, ажилладаг, НД төлж байгаа хүмүүсийн асуудал шийдэгдэнэ гэж тооцжээ.

Тэгвэл Сангийн яаманд данстай байгаа 14 орчим мянган хүний нэрс дунд 2004 онд Боловсролын зээлээр сурсан Монголбанкны Төлбөр тооцооны газрын Хяналт зохицуулалтын хэлтсийн захирал Ц.Алдармаагийн зээл төлөгдөөгүй бөгөөд 2013 оны 03 дугаар сарын 23-ний өдрийн 679 дугаартай Сүхбаатар дүүргийн шүүхийн шийдвэрээр шийдүүлжээ. 

Тэрбээр 2004 онд АНУ-ын Жонсон Вэйлс Их сургуульд бизнесийн удирдлагын чиглэлээр төрөөс 34.000 долларын зээл авч сурчээ. Харин одоо тэрбээр төрийн байгууллагад ажиллаж дансандаа 14 тэрбум хийж амжсан байна. Сургууль төгсөж ирснээс хойш 16 жил өнгөрч байхад тэрбээр зээлээ төлөөгүй аж. Одоогийн ханшаар тооцвол түүний төлөх зээл нь хадгаламж дахь 14 тэрбум төгрөгийн нэг тэрбум нь орчим нь таарч байна.